Människans nervsystem

Kärnan är den största och en av de bäst undersökta medlemmarna i den caudala/nedre gruppen rafekärnor. Den ligger i medellinjen i övergången mellan förlängda märgen och bryggan/pons, framför (ventralt om) 4de ventrikeln samt innehåller den serotoninerga cellgruppen B3..

Nucleus raphe magnus räknas till hjärnans smärtmodifierande system. Kärnan tar emot signaler från PAG, hypothalamus och amygdala; alla tre områden som med vissa delar även de räknas till det smärtmodifierande systemet.